小狗狗可以喂点阿奇霉素儿童喝的那种或者双黄连口服液，一天一袋顿服在配点麻杏止咳糖浆《一天三次按小孩的》。常规的治疗方法为：抗病毒：病毒唑、鱼腥草、穿琥宁、胸腺肽、转移因子等等。止咳、化痰：用药物溴已新、糜蛋白酶、氨茶碱、进行超声雾化吸入。防感染：丁氨卡那霉素、头饱曲松、红霉素、黄芪多糖等等。
犬窝咳虽然导致狗狗死亡的几率不高，但是最好早点带狗狗到宠物医院接受治疗，因为其很容易导致其它的疾病。由于犬窝咳是由细菌，病毒感染引起的，因此治疗时一方面要治疗咳嗽等病症，另一方面是要杀灭病原体。在犬窝咳初期，可以给小狗狗喝一些抗病毒口服液，如：双黄连口服液，蛇胆川贝液等，配合打针地塞米松。同时需要注意给狗狗做好保暖措施，同时必须给房间消毒。如果是犬窝咳后期治疗原则则是：抗病毒，止咳，化痰，防止并发症，增强狗狗抵抗力。
