治疗犬窝咳需要标本兼治，积极进行消炎及抗病毒疗法，减少细菌继发感染，杀灭病原体。只要治疗及时，患犬均可痊愈：
1、抗病毒：口服复方板蓝根片2次/天，3片/次，双黄连注射液2次/天，4mL/次，肌肉注射；或者清开灵注射液2次/天，4mL/次，肌肉注射。
2、抗菌消炎：阿奇泰能注射液（阿莫西林—克拉维酸钾注射液）5mL/次，1次/天；氨苄西林1g/次，2次/天，卡那霉素25mg/kg，2次/天，地塞米松5mg1次/天，分别肌注，小犬减半；并用无菌生理盐水6～10mL，加庆大霉素进行吸入性雾化治疗。
3、镇咳：对其中咳嗽特别严重的犬使用镇咳剂和支气管扩张药。口服急支糖浆20~30mL/次，2次/日或羧甲司坦（速效化痰片）0.5g/次，2次/日；对于发喘的犬，肌注氨茶碱0.25g/次
