断尾狗窝咳最好吃止咳退热抗病毒的药，断尾狗窝咳的治疗需要标本兼治，治标:要控制咳嗽高热等症状;治本:要提高机体免疫力杀灭病原体。
中药可以用清热解毒制剂,如抗病毒口服液、双黄连、板蓝根、蛇胆川贝液、银翘解毒汤。退热用柴胡注射液等。对咳嗽症状严重的犬，可以使用化痰止咳冲剂。
西药可用广谱抗病毒药利巴韦林静脉滴注。可注射高免血清、犬血球蛋白、干扰素等，以提高断尾狗的抗病力,促使断尾狗早日恢复。应用抗生素类药物防止继发感染，控制病情，可用头孢、阿奇霉素等。
由于断尾狗窝咳往往由多种条件致病菌诱发咽喉炎症，一般的药物很难到达这个部位，大多数抗生素不能起到理想的治疗效果。有时配合使用一些喉头喷剂。
