短毛柯基和长毛柯基之间不建议进行交配。尽管两者都属于犬科，但由于它们之间的基因不同，交配可能导致后代的遗传不稳定，出现毛发困难、皮肤炎症等遗传性疾病。
为了保护宠物狗的健康和品种的纯正，通常建议同一品种的犬只进行交配。因此，短毛柯基和长毛柯基之间最好不要进行配种。
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