水母化石很少见的原因主要在于水母特殊的身体结构。水母的身体主要由水组成，体内含水量高达98%以上，而且通常缺乏硬体组织，这使得它们在地质历史的漫长岁月中难以形成化石。
此外，水母生活在相对封闭的水域环境中，靠海藻分泌的营养素为生，缺乏天敌，这些因素也可能影响了其化石的形成和保存。
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