百花锦蛇主要生活于岩溶地带海拔低于300 m的山区和半坭半石灌木林地区。常活动于山间田边、坡地及沟谷，岩溶地带的岩洞是它出入的场所。昼夜活动，以鼠为主要食物，亦捕食蜥蜴、蛙和小鸟。4～6月产卵，卵革质，产于岩溶形成的而覆盖厚层落叶的石隙处。卵数5～15枚，卵径50～75 mm×27～32 mm，50～60天孵化。11月至次年3月冬眠，在岩洞内越冬。
产地较窄，集中于广西西南部，按历年来收购的数字和野外工作遇见机会估计，50年代可达60万条，现在已下降到5万条。
由于人为因素，蛇的天敌猛禽和一些兽类近年来数量迅速下降，对蛇的威胁已不大；主要是人的滥捕杀害。60～70年代外贸部不懂保护野生动物的重要意义，为了完成指标，赚取更多的外汇，进行大量的收购。80年代仍不顾国家的野生动物管理条例，继续大量收购。此外贩蛇的个体户迅速增加，他们利用一切可用之机，大量抢购偷运，其数量比外贸部门多好几倍，市场管理人员不愿管，政府部门又无得力措施。
其次是人口增加，扩大居住地，开荒造田，也破坏蛇的生境。另外，一些国家机关公开设立蛇餐馆（如南宁动物园），专以蛇作为食品，以招徕游人，一些高级宾馆以能吃到野生动物为竞争资本，蛇也是其主要对象，这些都是对蛇的极大威胁。
该物种已被列入中国国家林业局2000年8月1日发布的《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录》。
